在自然环境下，公母巴西龟的外观差异不明显，主要通过腹甲的形状来区分（图A）：公巴西腹甲成“凹”形，且左右不对称；而母巴西腹甲则呈“凸”状，而且腹甲左右对称。当然这种判断方法只适用于成年龟且没有外界干扰的情况下，对于年幼的幼体则有如下判断方法： 1.看尾巴：公巴西的尾巴又细又尖，且尾部有淡色的条纹或斑点；母巴西的尾巴则粗短且颜色鲜艳。
2.摸臀部的软刺：用手触摸公巴西臀部两侧的软刺，会感觉比较钝且粗糙；而母巴西的会比较尖且光滑（但这一点个人感觉不太可靠）。
最靠谱的方法其实是观察公母的交配行为——公的主动向母的靠近并试图交配时，如果被拒绝，公的一般就放弃了；而如果公的紧紧的跟在母的后面且试图爬到母背上与母进行生殖器接触，就可以基本确定它就是公的了！
司倩宁优质答主1、观察巴西龟头部两颊色斑的方法：巴西龟雌龟头部两颊的色斑是点状分布的，而雄龟却是条纹状的，大家可以从它们的头部色斑来区分性别。不过这种鉴别方法只适用幼龟，随着巴西龟年龄的增长，这个色斑的对比就慢慢淡化。当巴西龟大过中成体以后这个方法就不太明显了。
2、观察巴西龟尾巴长短和粗细的方法：大家可观察巴西龟尾巴长短，雄龟的尾巴既粗又长，从尾基部一直到尾后部都较粗，而且尾尖几乎达到后肢基部，甚至会略微超出。雌龟尾巴短而细，尾尖往往只能到达后肢膝关节附近。这个观察方法比较容易区分，基本能够准确辨别它们的性别。
3、观察巴西龟甲桥底部生殖突起方法：可将巴西龟腹甲朝上抓住，再观察它甲桥底部是否有生殖突起，有就是雄龟，没有就是雌龟。这个方法适用3龄以上巴西龟，3龄以下还没有发育完全的幼龟观察不出来，所以该方法有一定的局限性。
